在广州南沙办理船舶转籍的优质船只，将能享受绿色通道服务，实行无缝衔接机制，最大限度减少船舶停运时间。这得益于南沙在全国率先推出船舶转籍跨部门无缝衔接创新机制。
10月30日下午，南沙自贸片区船舶登记创新及“方便旗”船舶回归仪式在南沙举行。近期中远海运散货运输有限公司旗下10艘中资“方便旗”船舶，合计54.7万载重吨，回归南沙登记，注册船籍港为“中国广州”，船舶总价值约为9.4亿元。按照国家相关规定，该批中资“方便旗”船舶回归登记，免征关税和进口环节增值税约为2.2亿元。
2016年8月31日，财政部、海关总署、国家税务总局下发了《关于中资“方便旗”船回国登记进口税收政策问题的通知》，对符合条件的中资“方便旗”船舶，交通运输部初审汇总后报财政部，经财政部会同海关总署、税务总局等有关部门进行审定后，由进口单位向海关办理相关减免税手续。截至2019年9月1日，中国海事局全系统办理中资“方便旗”船回归登记78艘，南沙自贸片区占到回归登记总量的12.8%。
南沙自贸片区在全国率先推出“船舶转籍跨部门无缝衔接创新机制”，针对目前船舶转籍耗时较长，需要逐次经过多个部门审批后才能运营，积极协调海事、港务、船级社、海关、商务等部门，对优质船舶开辟绿色通道，实行无缝衔接机制，最大限度减少船舶停运时间。比如市商务部门在一个工作日内即办理完成中远海运散货运输有限公司10艘“方便旗”船舶的自动进口许可证。
同时，南沙自贸片区还出台了航运物流产业奖励扶持政策，对注册为“中国广州”“广东南沙”船籍港的国际船舶给予60元/总吨的补贴，同时给予债权数额2%的抵押权登记补贴，并对船舶交易、国际船舶管理、海员培训、海员外派及海员个人经济贡献方面等都给予相应奖励扶持措施。
据汇洲航运（广州）有限公司黄陈威经理介绍，该公司“泛亚上海”轮从上海转籍到南沙自贸片区注册的过程中，得益于“船舶转籍跨部门无缝衔接创新机制”，“泛亚上海”轮得以少停运15天，因每天船舶租金大概是8万元至9万元，南沙自贸片区首创的“船舶转籍跨部门无缝衔接创新机制”至少为该公司减少了120万元的营运成本。
依托自贸试验区、保税港区等政策功能，南沙加快吸引各类航运总部企业在南沙落户，不断拓展航运金融、法律仲裁、海事服务等现代高端航运服务功能，着实提升国际航运综合竞争力，加快推进国际航运枢纽建设。
目前，南沙区水上运输业货运周转量每年达到18063亿吨公里，位居全国第二，约占到全国总量的18.24%；拥有国际海员1万余名，管理国际船舶2000余万载重吨，其中管理港澳籍船舶近1300万载重吨。
